有機肥設備加工的各種有機肥料都含有豐富的有機物質，如人畜糞含粗有機物58%，廄肥含39%，秸稈含85%，綠肥含83%，為土壤微生物和酶提供了充足的養分和能源，加速了微生物的生長和繁殖，使之不僅數量增加，而且活性提高，在有機質的礦化、營養元素的累積、腐殖質的合成等方面起著重要作用。在微生物的作用下，有機養分不斷分解轉化為植物能吸收利用的有效養分，同時也能將被土壤固定的一些養分釋放出來。例如，微生物能分解含磷化合物，使被土壤固定的磷釋放出來，鉀細菌可以提高土壤鉀的活性。微生物還能固定土壤中的易流失養分（如對土壤游離氮的微生物固定）。在綠色食品（蔬菜）基地北京巨山農場保護地黃瓜以及番茄茬口取土測定土壤微生物數量結果表明，化肥區土壤微生物數量*低，隨著培肥時間的延長，其微生物活性（即數量）并不增加，堆肥處理的生物總數較高，而漚肥處理的土壤微生物數量略高于化肥區。由此可見，堆肥處理確有利于改善土壤微生物學性狀。漚肥由于其腐熟程度不高，有效養分較低，培肥效益較差。
此外，由于長期施用堆肥的土壤，土壤自生固氮菌數量和生物活性都有大幅度增加，因此就增加了對大氣氮的固定數量，對提高土壤氮素供應能力有顯著的作用。有機肥是酶促作用的基質，土壤有機質含量的增加，酶的活性增強，加速了土壤養分的分解、轉化、合成。土壤中動物數量極多，有機肥給它們的生存和繁殖提供了豐富的養分，土壤動物的旺盛生命活動對有機物的分解及各種化合物的合成也起著極為重要的作用。這些小動物排出的糞便增加了土壤養分，對改善土壤理化性狀、提高土壤肥力方面也有重要作用。
